A criação do Museu Histórico de Itajaí está diretamente ligada à atuação do colecionador João Amaral Pereira que na década de 1970 idealizou um espaço voltado à preservação da memória e do patrimônio histórico do município.
Em 1976, foi criada a Fundação Genésio Miranda Lins, com a missão de criar e gerir o Museu Histórico de Itajaí. No início, foram disponibilizadas salas provisórias no Palácio Marcos Konder para a organização do acervo, que começou a ser formado por doações de famílias itajaienses e pelo acervo pessoal do próprio João Amaral.
Com o passar dos anos, a Fundação estruturou o espaço, onde foram realizadas obras de adequação e preparação para receber o público. Finalmente, em 5 de janeiro de 1982, o Museu Histórico de Itajaí foi oficialmente inaugurado, marcando o início de uma trajetória dedicada à preservação, pesquisa e comunicação da história da cidade e da região.
O Palácio Marcos Konder é um dos principais símbolos arquitetônicos e culturais da cidade. A edificação foi construída entre 1920 e 1925 para sediar a antiga Superintendência Municipal de Itajaí (equivalente à atual Prefeitura), sendo inaugurada em 22 de outubro de 1925. Tombado como patrimônio histórico municipal em 1998 e estadual em 2001, o prédio tem importância fundamental na história política, econômica e urbana da região.
Missão: Comunicar a história de Itajaí e região através da preservação do seu patrimônio museológico e arquitetônico, com ações de salvaguarda, pesquisa e educação.
Visão: Ser uma instituição de destaque na preservação da história e valorização das memórias representativas da cidade de Itajaí e região.
Valores:
Gerente: Marco Antonio Figueiredo Ballester Júnior
Museóloga: Tayná Mariane Monteiro de Castro
Técnica em Conservação e Restauro: Yasmin Sayegh Al Kas
Auxiliar de Arquivo e Museu: Marcos Aurélio dos Santos
Atendimento ao público: Angela Aparecida Henschel; Cleuza Regina Callai
Guarda de Arquivo e Museu: Lurdes de Freitas da Silva
Estagiários: Gabriela de Souza, Luiz Eduardo Assunção, Alexia Cardoso, Ana Luisa Portella